Чтобы не плодить ветки сюда же напишу про другую проблему, которая возникает при выборе опции “Габариты ВхГхШ и вес присваиваются ко всему отправлению”.
Когда выбрана эта опция в Яндекс доставку перестаёт передаваться список товаров в заказе. Это происходит из-за того, что в методе boxberry_get_tracking_code заполнение коллекции items происходит только в блоке else условия
if ( $applyDefaultDimensions === 2 )
Сталкивался с таким во время миграции. Если правильно помню, то помогло удаление какой-то из таблиц боксберри (wp_boxberry_cities или wp_boxberry_reception_points). После этого таблица пересоздалась и всё заработало корректно.