Anna Ladoshkina

Попробуем воспроизвести ошибку, но – без отладочной информации конечно трудно понять, что происходит. А ВП какая версия 4.0.1 или другая?

Плагин в .htaccess ничего не пишет, мы используем Rewrite API, поэтому стандартных правил должно быть достаточно.
А структура пермалинков какая?
А содержание есть какое-то, чтобы в фид попадало – может это какая нездоровая реакция на 404?

Плагин по умолчанию использует таксономию category для вывода рубрик, поскольку это “родная” таксономия.

В вашем случае похоже используется какая-то другая таксономия для рубрикации записей из портфолио, поэтому нужно добавить фильтр куда-нибудь в functions.php темы/дочерней темы или где у вас размещаются собственные фиксы

код примерно такой

add_filter('layf_category_taxonomy', 'layf_cat_tax_correct', 2,2);
function layf_cat_tax_correct($tax, $post_id){
    if('portfolio_post_type' == get_post_type($post_id)){
       $tax = 'corresponding_tax';
    }
    return $tax;
}

в этом примере portfolio_post_type нужно заменить на наименование post_type который соответствует типу Портфолио и corresponding_tax нужно заменить на имя таксономии, по которой категоризируются записи внутри Портфолио. Это в админке можно посмотреть ну или может быть в документации к вашей теме указано.

Они заменяются (во всяком случае в последних версиях) на свои юникод обозначения, например & заменяется на & (надеюсь будет видно)
Яндекс это вполне устраивает – у нас несколько собственных сайтов с таким форматом индексируется и проблем нет