Bom dia,
Ao deparar-me com a mesma situação e ao investigar, percebi que o plugin grava sempre o valor na meta key _billing_nif (tanto no checkout clássico como no checkout de blocos, através da vossa extensão da Store API), mas o plugin da TOConline só lê os seus próprios campos (_billing_tax_registration_number ou _wc_billing/toconline-for-woocommerce/tax_registration_number, consoante o modo
configurado) – nunca _billing_nif (os campos referidos são criados ao preencher o tax_registration_number standard do woocommerce).
Não é nada de errado com o plugin, está tudo a funcionar como esperado do vosso lado deixo este heads-up sobretudo porque não vi nenhuma resposta para esta questão e quem fez o tópico não deu mais informação.
O que fiz foi acrescentar no plugin do TOCOnline uma verificação que caso não exista um tax_registration_number verificar se existe o _billing_nif.
Obrigado.