Veja a FAQ do plugin https://wordpress.org/plugins/woocommerce-pagseguro/ na sessão “O estoque do pedido não é alterado automaticamente?”.
Lá tem todas as instruções de com descobrir o que esta errado.
Também estou com mesmo problema, porém, depois que o pagamento é confirmado, se eu entrar no pedido e clicar em “Salvar Pedido” ele baixa os estoques. De forma automática, não é feito mais.
@claudiosanches na FAQ não localizei a sessão “O estoque do pedido não é alterado automaticamente?”
@rpa1tera na verdade status.

Mas tudo o que qualquer um precisa saber sobre o plugin se algo não esta funcionando, esta sempre na FAQ, o plugin tem mais de 4 anos já e a FAQ incluindo todos os possíveis problemas que alguém pode ter.
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rpvga
(@rafaelpuga)
Olá Claudio! Agradeço seu retorno, mas este não é o problema que estamos tendo.
O status do pedido é alterado normalmente: Processando, Concluído, etc.
O que ocorre depois da atualização Woo 3.0 é que o produto não sai mais do ESTOQUE quando pago com PagSeguro. Ou seja, precisa dar baixa manualmente.
Também, os emails do Woo não são enviados mais quando escolhemos PagSeguro. O cliente só recebe o email do próprio PagSeguro e nenhum email da loja. Quando escolhe outro pagamento, tipo transferência bancária (nativa do Woo), os emails são enviados normalmente.
Estamos pedindo ajuda, pois isto parou de funcionar após o Woo 3.0. Não consta ainda no FAQ de vocês.
Obrigado desde já! Se mais alguém tiver um problema parecido e puder ajudar, agradecemos.
@rafaelpuga veja, se esta indo para “Processando” é porque foi utilizado o método $order->payment_complete() e ai quem vai enviar e-mail e reduzir estoque é o WooCommerce e não este plugin.
E-mail não sendo enviado ou estoque não reduzido é geralmente por causa de não estar recebendo notificação de mudança de status, mas se esta recebendo e mudando status e ao mesmo tempo as outras coisas não funcionam… Bom ai já não é problema nenhum com este plugin, porque aqui esta sendo feito o correto. Então problema só pode estar no WooCommerce ou em vindo de outro plugin.
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rpvga
(@rafaelpuga)
Obrigado pelo rápido retorno, @claudiosanches. Agradeço também pelos plug-ins, você é imprescindível pra comunidade de ecommerce brasileira.
Posto aqui para discutir com outros usuários também, caso tenham o mesmo problema e juntos conseguimos soluções. Por favor, manter o tópico aberto, pois eu mesmo estou fazendo novos testes hoje e vou adicionar feedback pra avisar o @rpa1tera.
@rpa1tera, qual tema você usa? Estou no FLATSOME. Penso que pode ter algo a ver também…
Agradeço também pelo suporte e prestatividade @claudiosanches.
@rafaelpuga, estou usando o Mystile
Agora no momento, estou desativando plugin por plugin para tentar isolar o problema.
Manterei informado.
Opa! Só felicidade aqui! Acabei de atualizar o plugin com esta atualização de hoje e fiz um pedido com pagseguro cartão de crédito e deu tudo certo(http://prntscr.com/etobvu)!
Obrigada @claudiosanches
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rpvga
(@rafaelpuga)
@rap1tera Aqui também! Com a atualização 2.12.2 voltou a funcionar perfeitamente. Obrigado, @claudiosanches!