El problema que posiblemente tengáis esta relacionado con los permisos que tenga el usuario con el que subís los archivos. Si el usuario que usáis para la subida a través de FTP no es un usuario con permisos totales, WP no reconocerá los archivos subidos. Es el caso de los themes y plugins subidos por FTP.
Thanks for the solution!! It’s a good idea. 🙂