吹き出し内のブロックに、
ブロックエディタ標準の、画像や、引用などのブロック各種入れてみましたが、
プレビュー、実際に表示される記事、
両方ともに、正常に表示される事を確認しました。

ショートコードの設定は、かなり多岐にわたるので、
全ての設定のテストは行っていません。
ご指摘の現象が発生する可能性としては、
その設定次第ってとこですかねぇ。

現状でわかっている情報だけだとサポートはここまでです。

ここから先はトピ主様の回答待ちです。

情報提供ありがとうございました。

情報に基づき、同一のショートコードで試してみました。

残念ながらこちらでは再現出来ませんでした。

テスト公開の記事を確認しました。

ソースを見る限りでは、
コメントアウトのタグが挿入されていて、
閉じタグがおかしな事になっています。
正：
<!-- /wp:paragraph -->

誤(現在)：
<!-- /wp:paragraph --

この事により、後続のタグに影響が出て、崩れています。

ただ、
コメントアウト自体が挿入されている事が、
こちらでは不可解です。

あまり気にしていませんでしたが、
こちらの環境では、
コメントアウトが挿入されることが無く、
記事に吹き出しが反映されています。

特定の環境下で発生する問題なのか、
特定の操作方法で発生する問題なのか、
コメントアウトが挿入される条件が絞りきれないので、
現状はお手上げ状態です。

4.10.4をリリースしてから1週間経過し、
3,000件以上ダウンロードされています。
もし容易に同様の状態になるようでしたら、
もっと大事になってもおかしくないような気がします。

何かお心当たりがあれば、
助かります。

情報提供ありがとうございます。

お使いのプラグインを入れてみましたが、
特に問題は無いようです。

もしかしたら特定の設定があるのかもしれませんが、
現状では再現出来ないです。

データベースの保存データを確認すると、コメントアウト部分が保存されている事を確認しました。
プレビューか公開記事に関わらず、
表に出る時点でコメントアウトの部分は無くなります。

データベースに保存されている、コメントアウトの部分を
現状判明している、不具合状態と同一して、
操作してテストしてみましたが、
ショートコードの閉じる部分が反応しなくなるので、
貴殿の状況とは異なる結果になります。

WordPress5.0やWord Balloon4.0など古い環境でも試してみましたが、
コメントアウトの部分が表示される事は無い事を確認しました。

特定の操作方法の可能性も、捨てきれませんが、
現時点の情報で判断出来る事は以上となります。

こっちは未解決のためモヤモヤしてますけどね^^;

必ず不具合の原因はありますが、
このトピック上にある情報だけでは、
ある一定の条件のもと発生する可能性があるとしか言えません。

仮にWord Balloon以外のプラグインを全て停止して、
動作が改善するようであれば、
お使いのプラグインの中に原因はあります。

ただこの方法は想定外の事が起こりやすいので、
オススメはしていません。

ダウングレードはこちらの記事で紹介しています。

https://back2nature.jp/plugins/word-balloon/downgrade

今回のケースは、
何かしらの理由で、文字列置換の影響を受けている可能性が高いです。

ちなみにWord Balloonでも文字列置換は行いますが、
Word Balloonが吹き出し内のデーターを受け取った時点では、
既にコメントアウトの部分は無くなっているので、
Word Balloonが原因の可能性は限りなく0に近いです。

スタイルシート(CSS)は文字列置換をする
機能が無いため無関係です。

ただし、プラグインなどが、
スタイルシートを出力するまでに、
何かしら文字列置換の操作を行っている場合は別です。

今回の件とは全く関係ありませんが、
お使いのテーマのスタイルシートの影響で、
Word Balloonの吹き出しの下に余白が出来ます。
気にならない様でしたら、問題ありませんが
一応、対処法はお伝えしておきます。

https://back2nature.jp/plugins/word-balloon-faq/word-balloon-dealt-with-that-crumble