リニューアル作業の数日後に旧サイトへ戻ってしまう現象

WordPressのリニューアル作業初心者につき、行き詰まってしまったためご教授頂きたく質問させていただきました。

質問事項：リニューアル作業後の旧サイトが表示されてしまう現象について、作業自体に間違っている箇所がありましたらご教授頂きたいです。

事象と経緯：
WordPressにて制作されたサイトをリニューアル作業。
サイトの表示が新サイトに切り替わっていることを確認。
しかし数日後にプラグインのアップデートを行うと旧サイトの表示に戻ってしまう事象が発生。
(アップデートしたプラグインはSiteKit byGoogle update from version 1.110.0 to 1.111.1)

Filezillaにて本番ディレクトリ直下のindex.phpを確認すると、書き換えたはずの記述が元に戻ってしまっていました。

行なったリニューアル作業の内容：
1.リニューアル用のWordPressテスト環境をサブディレクトリに用意。
2.テスト環境にて新サイトを完成させる。(Localで制作した新サイトをAll in one WP Migrationプラグインでインポート)
3.Filezillaにてサブディレクトリ内のindex.phpと.htaccessをダウンロード。
4.index.phpの書き換えを行う。
　→(仮にサブディレクトリをnewと名付けたとする)
　変更前：require __DIR__ . ‘/wp-blog-header.php’;
　変更後：require __DIR__ . ‘/new/wp-blog-header.php’;
5.書き換えたindex.phpと何も変更を加えていない.htaccessを本番用ディレクトリに入れる。

以上の作業内容を行い、作業後数日は正しく新サイトが表示されておりましたが、上記プラグインのアップデートを行なった後に確認しましたところ、URLを開くと旧サイトが表示されてしまう現象が起きてしまいました。
現在は、再度上記と同じ作業を行い新サイトが表示されておりますが、結局は同じ作業をしただけなので、また旧サイトが表示される事象が起きる可能性が懸念されます。

また、リニューアル手順の紹介サイトによっては.htaccessの書き換えも行う手順を紹介するサイト様もあれば、書き換えはindex.phpのみでOKというサイト様もあります。
私が参考にしたサイト様には.htaccessの書き換えは載っていなかったので行いませんでしたが、これが原因となることもあるのでしょうか。。。

つきましては、上記のリニューアル作業で間違えている箇所がございましたら、どうかご教授頂けませんでしょうか。
あらゆるサイト様にてリニューアル手順を熟読し、その通りに作業を進めてみたのですが、このような事象が起きてしまい頭を抱えております。

※ちなみに、旧サイトの管理画面URLはまだログインでき、ダッシュボードも旧サイトのままです。
これが残っているのが原因なのではとも思うのですが、そもそもリニューアル後も旧サイトの管理画面は残しておくものなのかどうかもわからず。。
旧サイトの管理画面にもアップデート通知は来てしまうので、新サイトと旧サイトのどちらも運営するものなのでしょうか。。
リニューアルが初めてなもので不明点が多く、大変申し訳ございません。

宜しくお願い致します。
長文、失礼致しました。